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蒙古史研究所成立于1986年，1993年自历史系分出，成为独立的专职科研单位，并挂靠到我校科研处。1999年经学校批准，于原蒙古史研究所基础上，增设宗教研究所，系一个单位，两块牌子。2001年12月合并于蒙古学学院。2010年1月经学校批准，蒙古史研究所并入旅游学院，宗教研究所隶属社会学民俗学学院。蒙古史研究所现有在职教师4名，其中教授1名，副教授2名，讲师1名，具有博士学位者2名，在读博士生1名，硕士学位者1名。现任所长为胡日查教授。

蒙古史研究所是我校专职科研单位之一，也是我校专门史、中国少数民族史、历史文献学、民族学、宗教学等5 个硕士学位专业不容忽视的骨干研究队伍。一直以来，蒙古史研究所（含宗教研究所）从事蒙古史、蒙古历史文献与满蒙文档案、蒙古宗教文化研究，成果颇丰，在国内外蒙古史学界享有很高的声誉。到目前为止，本所教师已整理出版20部蒙古历史文献，出版学书专著8部，在国内外学术刊物上发表学术论文200余篇。目前主持承担的科研项目有国家社会科学基金项目5项，教育部人文社会科学规划项目2项，内蒙古哲学社会科学规划项目1项，主持或参与的国家大型《清史》编修项目子课题3项。蒙古史研究所在科研、教学和对外交流与合作等方面一直在积极努力，取得了不少成就，对我校相关学科的发展起到了促进作用。

蒙古史研究所除了从事科研工作，主要培养硕士研究生，现拥有专门史、中国少数民族史、历史文献学等硕士学位专业授予点。已毕业并获得历史学、法学、哲学等学科硕士学位的研究生共22名，现有在读硕士研究生29名。

研究所内部共设有三个研究室，即蒙古史研究室、历史文献与档案研究室、蒙古宗教文化研究室。内蒙古地区民族历史、文化、宗教研究为本研究所学科建设特色。其中，17-20世纪内蒙古地区社会历史变迁与发展现状、蒙古族宗教与文化、清代满蒙文历史文献与档案研究为本所主要研究方向，也是本所能够在国内外蒙古史学界立足之本，又是最具发展潜力的研究平台。